ریشه اختلافات بنی صدر و نخست‌وزیر به روایت شهید رجایی
شهید رجایی در مصاحبه‌ای به ریشه اختلاف خود و بنی‌صدر را اعلام می‌کند. چون اختلاف بر سر دو بینش است، بنابراین چیز کنارگذاردنی نیست. من اگر بخواهم کنار بگذارم باید نفی وجودی خودم را بکنم ایشان {بنی صدر}اگر بخواهند کنار بگذارند باید نفی وجودی خودشان را بکنند.
خبرگزاری فارس: بعد از انقلاب دو گرایش عمده در ساختار سیاسی شد. گرایش ملی گرایانه یا لیبرال و گرایش مکتبی یا خط امامی.
هر کدام از این دو گرایش، بخشی از حاکمیت را به خود اختصاص داد در حالی که نظام نوپای جمهوری اسلامی با مسائل و مشکلاتی از درون و بیرون مواجه بود رقابت‌های این دو گرایش نیزمشکل مضاعفی به وجود آورده بود.
در این تقسیم بندی، بنی صدر به جناح لیبرال و رجایی به جناح خط امام تعلق داشت. با توجه به دیدگاه‌های مختلف دو گرایش سیاسی در مورد موضوعات و مفاهیم مختلف و مسائل مبتلابه جامعه، آن دو نیز از ابتدا تا انتهای حضورشان در رأس امور اجرایی جامعه با هم اختلاف نظر‌های دامنه داری داشتند تا زمان انتخاب رجایی به نخست وزیری، افراد وابسته به جناح لیبرال در اکثر دستگاه‌های دولتی در رأس کار بودند و انقلابیون وابسته به جریان خط امامی در اقلیت بودند.
اما پس از شروع به کار مجلس اول که در آن جناح خط امام و سپس انتخاب رجایی به نخست وزیری، جناح لیبرال در اقلیت قرار گرفت. حتی عده‌ای معتقدند که حاکمیت رسمی حزب‌الله و خط امامی‌ها در دستگاه‌های دولتی و حکومتی با انتخاب رجایی امکان پذیر شد. (نوذری، ۲۹۴_۲۹۵) بنی صدر که پس از سال‌ها زندگی در خارج از کشور، همزمان با ورود امام خمینی به وطن، وارد ایران شده بود، افکار ملی‌گرایانه و لیبرالی خود را ترویج می‌کرد. اصولا افکار و بینش‌های خط امام و نهاد‌های انقلابی با افکار بنی صدر و جناح منتسب به وی سازگاری چندانی نداشت. سپاه کمیته‌ها و بعد‌ها بسیج عمده‌ترین نیرو‌های انقلابی و مردمی بودند که نه آن‌ها با بنی صدر رابطه خوبی داشتند و نه بنی صدر با آن‌ها رابطه خوبی داشت. هر دو همدیگر را طرد می‌کردند. (راعی، ۱۵۸)
انتخاب نخست وزیر پس از انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب بنی‌صدر از سوی مردم برای تصدی این پست، بنی صدر سعی داشت با انتخاب افرادی از همان جناح مورد قبول خود، با همان طرز تفکر، کشور را اداره کند و در واقع جناح انقلابی و مکتبی را از صحنه بیرون کند و برای رسیدن به این هدف ابتدا باید نخست وزیری باب میل خود پیدا می‌کرد در حالیکه در این زمان اغلب نهاد‌های سیاسی را جناح‌های خط امامی در دست داشتند و از این رو کار بر بنی صدر مشکل بود.
تعارض و اختلاف دو جناح فعال در نظام سیاسی با توجه به دیدگاه‌ها و ملاک‌هایی که داشتند، اجتناب ناپذیر و حتمی بود. در نظر طیف نیرو‌های خط امام مکتبی بودن، مسلمان بودن و متعهد بودن اساس انتخاب نخست وزیر بود و به نظر آن‌ها اگر فرد با تجربه‌ای با این شرایط پیدا شود از نظر انتخاب مقدم می‌باشد. (پیام انقلاب، ۸). اما اساس تفکر جناح لیبرال به ویژه شخص بنی صدر، تساهل و ترجیح دادن منافع ملی بر منافع امتی و آرمانی بود. همچنین به تجربه و تخصص بیش از مکتبی بودن و تعهد معتقد بودند. (ظریفی نیا، ۵۵) پس از انتخاب حجت‌الاسلام اکبر هاشمی رفسنجانی به ریاست مجلس شورای اسلامی در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ و سوگند ابوالحسن بنی صدر در ۳۱ تیر ۱۳۵۹ در مجلس، مساله معرفی و انتخاب نخست وزیر در میان طیف سیاسی جامعه و مطبوعات که پس از افتتاح مجلس مطرح شده بود، بعد تازه و وسیعی به خود گرفت و گمانه زنی‌های سیاسی شروع شد.
در این زمان تنها نهادی که در اختیار نیرو‌های پیرو خط امام قرار نداشت، ریاست جمهوری بود. بنی صدر نیز به این مساله واقف بود و سعی می‌کرد موقعیت تضعیف شده جناح خود را با انتخاب یک نخست وزیر که به نیرو‌های خط امام به ویژه حزب جمهوری اسلامی وابسته نباشد بهبود بخشد.
حزب جمهوری اسلامی نیز با تمام توان در صدد بود که نخست وزیر پیشنهادی و مورد نظرش، مقام نخست وزیری را در اختیار گیرد؛ لذا با این زمینه‌ها و پیش فرض‌ها به سرعت مساله انتخاب نخست وزیر به یک معضل بزرگ و مهم سیاسی تبدیل شد و بیشتر از آنچه که انتظار می‌رفت به طول انجامید و تا آخر شهریور ۱۳۵۹ همه مسائل را تحت الشعاع خود قرار داد. (راعی، ۱۰۶)
نامزد‌های پیشنهادی حزب جمهوری ابتدا از سوی حزب جمهوری اسلامی جلال‌الدین فارسی برای نخست وزیری پیشنهاد شد در بین اسامی پیشنهادی، غرضی، میرسلیم، و رجایی نیز بود. بنی صدر در مورد مهندس میرسلیم سرپرست شهربانی و معاون سیاسی وزارت کشور، نظر بهتری داشت، اما مجلس به وی رأی تمایل نداد. (انقلاب اسلامی، ش. ۳۱۲، ۲/۵/۱۳۵۹) بنی‌صدر در مصاحبه رادیو تلوزیونی تأکید کرد اگر دولت آینده از یک گروه یا حزب خاصی باشد، از نظر رئیس جمهور اشکالی ندارد، اما در قبال آن مسئولیتی نخواهد پذیرفت. (همان، ۵/۵/ ۱۳۵۹، ش. ۳۱۴) همچنین در روز‌های بعد نیز بنی صدر درباره اختلاف مجلس و رئیس جمهور بر سر انتخاب نخست وزیر گفتنی‌های زیادی داشت که در روزنامه خود انعکاس می‌داد: اگر در مجلس به نخست وزیر و وزیرانی رأی بدهند که بتوانند مانند ساعت با رئیس جمهور کار کنند، امکان دارد جمهوری از پا در نیاید؛ بنابراین می‌خواهند نگذارند و اگر نگذارند باید اسبابی فراهم بیاورند تا یک دولت دیگری زمینه پیدا کند یعنی دولتی که از اول بخواهد میان مجلس و رئیس جمهوری تضاد به وجود آورد و بر اساس آن بماند.
اگر بخواهند چنین دولتی به وجود آورند اول کسانی را که می‌بینند با رئیس جمهوری هماهنگی دارند و می‌توانند کار کنند خراب می‌کنند چنانکه می‌بینید از چندی پیش چنین جوی به وجود آورده‌اند. (همان، ش. ۳۱۸، ۹/۵/۱۳۵۹)
جهت جلوگیری از کشمکش میان بنی صدر و مجلس، جمعی به منظور بررسی تعیین نخست وزیر انتخاب شدند. آیت الله یزدی، آیت الله امامی کاشانی و آقای پرورش به نمایندگی از طرف مجلس و آقای جلالی نماینده مردم نیشابور از طرف بنی‌صدر. این هیات مامور بررسی وضع چهارده نفر از داوطلبان پست نخست وزیری شد و از میان این عده سه نفر از جمله شهید رجایی مورد توجه هیات قرار گرفتند. (ص. ۱۱۷ مقالات) انتخاب شهید رجایی رجایی از نظر طیف بندی سیاسی و فکری جزو نیرو‌های خط امام بود. بنی صدر نیز همواره تصریح می‌کرد که وی نمی‌تواند مسئولیت دولتی را که تشخیص دهد نمی‌تواند با وی کار کند بپذیرد و یادآور می‌شود وی تا جایی که بتواند مقاومت می‌کند تا دولتی که بر سر کار می‌آید توانایی همکاری همه جانبه و وسیع با رئیس جمهور و قوه مقننه را دارا باشد. (انقلاب اسلامی، ش. ۳۲۲، ۱۶/۵/۵۹) رجایی پیش از انتخابش، در مصاحبه‌ای در مورد تشکیل کابینه آینده خود در صورت پذیرش نخست وزیری وی از سوی مجلس می‌گوید: من از کابینه مختلط صد در صد بدور هستم و معتقدم کابینه باید به طور یکدست از انقلابیون در خط امام باشد. به همین دلیل بنی صدر اصلا با رجایی موافقت نداشت و می‌دانست با وجود چنین فرد سرسختی که از مواضع مکتبی خود کوتاه نمی‌آید، نمی‌تواند اهداف خود را پیاده کند، اما بنا به ملاحظاتی حاضر شد او را به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی کند؛ اما بنی صدر پیش بینی کرده بود که دولت رجایی ظرف دو ماه سقوط می‌کند لیکن صبر و مقاومت شهید رجایی این پیش بینی را با شکست مواجه ساخت و بر عکس این بنی صدر بود که از ریاست جمهوری عزل شد. (مقالات ص. ۱۱۹) سر انجام در روز شنبه ۱۸ مرداد ۱۳۵۹، رجایی به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی شد. در روز بیستم مرداد رای تمایل به رجایی داده شد. وی با ۱۵۳ رای موافق، ۲۴ رای مخالف و ۱۹ رای ممتنع از مجلس رای تمایل گرفت. (صابری، ص. ۶۹)
کابینه مورد نظر شهید رجایی رجایی پس از کسب رأی تمایل نمایندگان مجلس، منتظر صدور حکم نخست وزیری از طرف رئیس جمهور نماند و بلافاصله شروع به مشورت و رایزنی برای انتخاب اعضای کابینه کرد. آنچه از قبل مشخص شده بود این بود که اعضای کابینه یکدست و کلا از افراد انقلابی و مکتبی خواهند بود.
در این راستا بدون توجه به گرایش سیاسی و فکری رئیس جمهور تمام مشورت‌ها و رایزنی‌های خود را با افراد انقلابی، مکتبی و منتسبان به جناح خط امام انجام داد. (راعی، ۱۱۵) با توجه به شرایط مورد نظر رجایی نهاد‌های انقلابی وزیران پیشنهادی خود را ارائه دادند و رجایی توانست تا پایان مرداد ماه، فهرست وزیران کابینه را برای تصویب رئیس جمهور آماده کند بر اساس قانون ابتدا باید وزیران به تأیید و تصویب رئیس جمهور برسد و پس از آن برای کسب رأی اعتماد نمایندگان به مجلس شورای اسلامی معرفی شوند.
رئیس جمهور یک روز مانده از وقت قانونی حکم نخست وزیری رجایی را صادر و بلافاصله به سفر داخلی رفت و رجایی نیز در پایان همین روز مهلت قانونی با توجه به عدم حضور رئیس جمهور موفق به معرفی وزیران کابینه اش نشد و منتظر بازگشت رئیس جمهور ماند.
تحلیلگران این برخورد بنی صدر را یک کار تعمدی و نشانه‌ای از اعتراض او به انتخاب رجایی تلقی کردند. (همان، ۱۱۷) حکم نخست وزیری رجایی که به طرزی واضح نشانگر مخالفت جدی رئیس جمهور بود به این شکل نگارش یافته بود: با توجه به جریان گزینش شما و رأی تمایل نمایندگان محترم به سمت نخست وزیر جمهوری اسلامی ایران منسوب می‌شوید.
لازم به یاداوری است که در شرایط حساس کنونی، شما به عنوان نخست وزیر جمهوری اسلامی ایران باید قبل از هر چیز نص و مفاد قانون اساسی را نصب‌العین خود قرار دهید و با کوشش در طریق استقرار امنیت و وحدت و باز سازی اقتصادی و متعین ساختن معنویت اسلامی در روابط مردم و حکومت، دفاع از استقلال سیاسی اقتصادی و فرهنگی کشور و تأمین حقوق و آزادی‌های افراد ملت را سرلوحه برنامه دولت خویش قرار دهید و این کار میسر نیست جز با دستیابی به وحدت و تفاهم بین نیرو‌های متعهد نسبت به انقلاب اسلامی ایران. (صابری، ۵) عبارت مهم جریان گزینش شما که در ابتدای حکم انتصاب آمده است از همان آغاز از جانب مخالفان دولت دستاویزی برای حمله و انتقاد شد و از سوی بنی صدر و طرفداران وی برای تخطئه و تضعیف دولت مورد استفاده تبلیغاتی قرار گرفت.
مخالفان با استناد به همین عبارت، جنجال‌های فراوان تبلیغاتی به راه انداختند تا به جامعه ثابت کنند که نخست وزیری رجایی به بنی صدر تحمیل شده است و خود وی نیز در یک مصاحبه مطبوعاتی و رادیو تلوزیونی در روز دوم شهریور ماه ۵۹ (چهار روز پس از امضای حکم نخست وزیری رجایی) چنین گفت: من اگر دیدم که این دولت خط مرا ندارد و مردم هم از من خواستند، خوب من باید به مردم بگویم که این دولت، دولت من نیست؛ بنابراین من ابزار کار ندارم که شما از من چیزی بخواهید. (همان، ۶) اختلافات شهید رجایی با بنی صدر در طول مدت کوتاه کار رجایی و بنی صدر با یکدیگر، اختلافات زیادی میان ان دو بروز کرد که غالبا بر امور جاری مملکت تاثیر گذاشته بسیاری از امور را مختل می‌کرد. ریشه اختلافات شهید رجایی و بنی صدر یکی در اختلافات فکری آن‌ها بود و یکی به اساس ساخت نظام سیاسی کشور و اختیارات و مسئولیت‌های قانونی رئیس جمهوری و نخست وزیر مربوط می‌شد و تا زمانی که این دو سمت در کنار هم در نظام سیاسی کشور ما وجود داشت اختلافاتی بین ریاست جمهوری و نخست وزیری به وجود می‌آمد...
البته یک سری مسائل شخصی هم وجود داشت که به اختلافات میان بنی صدر و شهید رجایی دامن می‌زد. بنی صدر دوست داشت نخست وزیر کسی باشد که مانند یک ابزار در دستش قرار بگیرد. (نبوی، ۶) بنابراین هیچکدام نمی‌توانست از مواضع خود عقب نشینی کند و این اختلاف بینش به ضرر کل سیستم مملکت تمام شد. رجایی درباره این اختلاف چنین می‌گفت:. چون اختلاف بر سر دو بینش است، بنابراین چیز کنارگذاردنی نیست. من اگر بخواهم کنار بگذارم باید نفی وجودی خودم را بکنم ایشان {بنی صدر}اگر بخواهند کنار بگذارند باید نفی وجودی خودشان را بکنند پس ناگزیر باید با وجود این اختلاف به یک تفاهم نزدیک به مورد قبول رسید. (فرزند ملت، ۲۵۰) با اینحال تا حد امکان سعی داشت اختلافات را حل کند، اما عملا این کار را غیر ممکن می‌دانست: من تفاهم و هماهنگی و یکپارچگی با رئیس جمهور را در خدمت به مردم می‌بینم. من به این زودی امکان اینکه با رئیس جمهور به تفاهم برسم ندارم، زیرا که ایشان متجاوز از بیست سال در یک محیطی با یک سری منابع مطالعه داشتند و به نتایجی رسیده‌اند و من هم متجاوز از بیست سال در ایران زندگی کرده‌ام و نتایجی به دست آورده‌ام. (شهید رجایی اسوه صبر و استقامت، ج. ۱، ص. ۳۶۲) بنی صدر در اجتماع مردم مشهد در تاریخ ۱۰ مرداد ۱۳۵۹ اذعان می‌کند که در مقابل جناح مکتبی خواهد ایستاد: من باید به شما بگویم اگر من بخواهم به راه علی بروم و در برابر آن‌ها که می‌خواهند به نام مکتب این قدرت را به انحصار در آورند، باید با قاطعیت تمام بایستم. انقلاب اسلامی ش. ۳۱۹، ۱۳/۵/۱۳۵۹)
رجایی بر خلاف بنی صدر سعی می‌کرد اختلافات را پنهان نگاه دارد و مردم را از این جنجال‌ها باخبر نکند چنانکه در تاریخ ۵ شهریور ۵۹ درنامه‌ای خطاب به بنی صدر می‌نویسد: من در عمل روی اشتراکات تکیه می‌کنم و در مواجهه با مردم از انچه با شما اختلاف دارم صحبت نکرده‌ام، زیرا به نظر من مردم قهرمان و نگران انقلاب، بیش از این مستحق آزار نیستند. حرف‌ها و نوشته‌های من و شما را مردم دیده‌اند و تاریخ ثبت کرده و قضاوت نهایی با خداوند است. (صابری، ۱۰۷) کارشکنی‌های بنی صدر در رابطه با دولت شهید رجایی در یکی از بحرانی‌ترین و پر افت و خیز‌ترین مقاطع تاریخ انقلاب اسلامی مأمور تشکیل کابینه شد. بعضی از این مشکلات و بحرانن‌ها ریشه در اوایل پیروزی انقلاب و حتی قبل از آن داشت و به دولت شهید رجایی به ارث رسیده بود. (راعی، ۱۸۰) از میان این مشکلات می‌توان به مبارزه مسلحانه با احزاب و گروه‌های ضد انقلاب و تشدید بحران قومیت‌ها در ایران، مشکلات اقتصادی و مهمتر از همه اختلاف میان رجایی و بنی صدر اشاره کرد. به پاره‌ای از سنگ اندازی‌های بنی‌صدر در ذیل اشاره می‌شود. الف- انتخاب وزرا شیوه کار شهید رجایی در انتخاب وزیر این بود که نخست درباره او به تحقیق می‌پرداخت و مخصوصا با نهاد‌های انقلابی و شخصیت‌های موجه و مورد اعتماد مشورت می‌کرد سپس موضوع را با اشخاص منتخب در میان می‌نهاد و آنگاه او را به عنوان وزیر به بنی صدر معرفی می‌کرد. (همان، ص. ۲۴۰) یکی از موضوعات مهمی که در آن زمان مورد بحث بود، مکتب و مکتبی بودن بود. رجایی به تعهد انقلابی بودن و مکتبی بودن در عهده داری امور اجرایی تأکید داشت و اعضای کابینه اش را نیز از افرادی با این ویژگی‌ها برگزید. (جمهوری اسلامی، ش. ۳۴۷، ۲۳ مرداد ۱۳۵۹، ص. ۱۴)، اما بنی‌صدر می‌گفت: فرد مکتبی که تخصص در کار نداشته باشد نمی‌تواند و نباید کار را بپذیرد. (روز‌ها بر رئیس جمهور چگونه می‌گذرد، ج. ۳، ص. ۴۲-۴۳) در انتخاب کابینه نیز اختلاف نظر و اختلاف ناشی از دو بینش موجب شد کابینه بدون حضور یک سوم وزیران تشکیل شود. به ویژه عدم عدم توافق در مورد وزیر امور خارجه و انتخاب نشدن آن ضربه سختی به سیاست خارجی وارد کرد.
بنی صدر که در رأس قوه مجریه بود با وجود اینکه هیئت وزیران هفته‌ای سه بار جلسه داشت در طول چند ماه نیز در آن شرکت نکرد. (شهید رجایی اسوه صبر و استقامت، ۴۴۵) پس از بازگشت بنی صدر از سفر رجایی در اول شهریور اسامی وزیران پیشنهادی را به وی تقدیم کرد و با او به بحث و تبادل نظر نشست.
روز سوم شهریور بنی صدر طی نامه‌ای که برای رجایی ارسال کرد اعلام داشت با وزیرانی که وی پیشنهاد کرده کاری ندارد تنها وزرای دفاع و کشور به لحاظ حساسیت وضع کشور باید از تصویب وی بگذرد.
اما باز هم در همان روز نظر خود را عوض کرده و طی نامه بلندی رجایی و همفکرانش را متهم به جو سازی برای گرفتن کشور از دست رئیس جمهور کرده و استقامت خود را لازم شمرده است و از اینکه وی در مورد انتخاب وزیران با او مشورت نکرده گلایه کرده است.
در این نامه بلند توهین‌های زیادی به رجایی شده و غیر مکتبی و بی‌توجه به قانون اساسی خوانده شده است و همچنین تأکید شده که یک جریان قوی می‌خواهد مملکت را در دست بگیرد بنابراین دو دستگی به وجود آمده و وزیران منتخب رجایی نمایندگان دیوان سالاری این نهاد‌های قوی هستند و با رئیس جمهور دشمنی دارند، علم و تجربه ندارند و رابطه جای ضابطه را گرفته است.
شروع به کار دولت رجای همزمان با شروع رسمی جنگ تحمیلی عراق علیه ایران و وجود مسائلی، چون تداوم بحران اشغال سفارت امریکا در تهران و گروگانگیری و فشار‌های همه جانبه امریکا علیه ایران بود.
نبودن وزیر امور خارجه در این شرایط بحرانی، فشار‌های مضاعفی بر نخست وزیر و دولت تحمیل می‌کرد و در صحنه بین المللی نیز انعکاس نامطلوبی داشت. (راعی، ۱۲۶- ۱۲۷) ناراحتی بنی صدر از اینکه چرا آخرین کسی است که از اسم وزیران آگاه می‌شود بی علت نیست.
واقعیت قضیه این است که رجایی دو روز پس از کسب رای تمایل مجلس، جلسه وی با شرکت نمایندگان نهاد‌های انقلابی در روز بیست و دوم مرداد ماه تشکیل داد و در زمینه ترکیب کابینه خود با آن‌ها به مشورت نشست.
در این جلسه که خبر آن در روزنامه‌های روز بعد چاپ شد، نمایندگان سپاه پاسداران، جهاد سازندگی، روحانیت مبارز، کمیته مرکزی، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، اتحادیه انجمن‌های اسلامی کارکنان دولت، حزب جمهوری اسلامی، حضور داشتند و مشورت با همین نهاد‌های انقلابی که همیشه مورد کینه و عداوت بنی صدر و اطرافیان او بودند موجب تشدید خشم و ناراحتی وی شده بود. (صابری، ۱۰۳) رجایی بار‌ها افرادی را برای تصدی وزارتخانه‌های بدون وزیر پیشنهاد کرد، اما رئیس جمهور یا به نامه‌ها پاسخ نداد و یا صلاحیت آن افراد را بدون آوردن دلیل، رد کرد از جمله این نامه‌ها نامه تاریخ ۲۸/۶/۱۳۵۹ برای معرفی میرحسین موسوی برای تصدی وزارت امور خارجه است و دیگری در تاریخ ۱۶/۷/ ۱۳۵۹ برای معرفی سه وزیر دیگر. (صابری، ۲۳۶- ۲۳۹) در تاریخ ۱۰/۸/ ۱۳۵۹ نیز رجایی نامه دیگری با معرفی شش تن به عنوان وزیر امور خارجه به بنی صدر مخابره کرد، اما بنی صدر جوابی به آن نداد. (همان، ص. ۲۴۲)
نامه دیگری در تاریخ ۱۴/۸/۵۹ از سوی بنی صدر به رجایی نوشته شده که ادعا کرده است، پیرو فرمایش امام، وی با هیچ یک از وزرای پیشنهادی مخالفتی ندارد، اما در عین حال نامه رجایی مبنی بر معرفی وزیر دیگری، بی جواب می‌ماند. (همان، ۱۴۴) در سوم اسفند سال ۱۳۵۹ با اعلام اعتصاب سه روزه یکی از نمایندگان آبادان به خاطر عدم تکمیل کابینه، مجلس به دو وزیر معرفی شده از طرف بنی صدر رای می‌دهد، اما کماکان وزیر امور خارجه تعیین نمی‌شود.
در فروردین ماه ۱۳۶۰ با طرح نمایندگان مجلس برای تصدی وزارتخانه‌های بدون وزیر، سرپرستی از طرف شهید رجایی برای وزارت امور خارجه تعیین می‌شود. بنی صدر طی نامه‌ای از شهید رجایی به خاطر انتصاب معاون وزیر در برخی وزارتخانه‌های بی وزیر انتقاد کرده این مسئولیت را از آن وی ندانسته است.
در جلسه علنی مجلس در تاریخ دوم دی ماه ۵۹ سید حسن آیت و آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای شهید رجایی را به خاطر عدم معرفی سه وزیر به کابینه استیضاح کردند. در این جلسه شهید رجایی در دفاع از موضع خود گفت:این مساله یکی از مسائل مهم مورد اختلاف بین من و رئیس جمهور است و تلاش نسبتا زیادی برای جبران بقیه وزرا انجام دادم. همانطور که اطلاع دارید انتخاب نخست وزیر با رضایت کامل رئیس جمهور نبود بلکه ایشان از نظر قانونی موافقت کردند که من نخست وزیر باشم ایشان بعدا هم چه به طور شفاهی و چه در گزارشی که به مردم می‌دهند بار‌ها این مساله را یاد آوری کرده‌اند. گرچه این فشار یعنی فشار رئیس جمهور برای دولت بسیار سنگین است، ولی تعهدی که در قبال این مسئولیت داشتیم به ما این امکان را داده که این حرف‌ها را بخوانیم، ولی ساکت باشیم. (مذاکرات مجلس، جلسه ۸۸ تاریخ ۲/۱۰/ ۵۹ ص. ۲۴) ده ماه پس از شروع جنگ، وزارتخانه مهمی، چون وزارت امور خارجه بدون وزیر بود و روابط خارجی و سفارتخانه‌های ایران در کشور‌های خارجی به حالت نیمه تعطیل و در بسیاری کشور‌ها به حالت کاملا تعطیل در آمده بود. ب- تضعیف دولت بنی صدر در طول مدت زمامداری‌اش به هر مناسبت نسبت به تضعیف شهید رجایی اقدام می‌کرد. وی همواره با در اختیار داشتن تریبون‌های مختلف از مطبوعات تا صدا و سیما، دست به یک تبلیغات گسترده روانی زده بود و چنین وانمود می‌کرد که یاران امام، چون دکتر بهشتی، هاشمی رفسنجانی و رجایی و ... در برابر فعالیت او سنگ اندازی می‌کنند و مانع انجام وظیفه اش می‌شوند. (روان بخش، ۱۸۹) بنی صدر در اجتماع جامعه زنان انقلاب اسلامی شعبه شمیران ضمن متهم کردن جناح مخالف به کارشکنی، اظهار داشت برای ما وابستگی حزبی مهم نیست و نامزد او را (میر سلیم) برای نخست وزیری به مجلس معرفی کردیم.
در مجلس گفتند بهتر از او بوده، اما او، چون نمی‌توانسته با من تفاهم داشته باشد آقای میرسلیم را معرفی کردم. من می‌خواهم بگویم که این درست نیست، چون غیر از او دو نفر دیگر را هم معرفی کردند. یکی آقای جلال‌الدین فارسی که خود معرفی کنندگان گفتند توانایی نخست وزیری ندارد و یکی آقای رجایی که من گفتم ایشان خشک سر هستند یعنی آنچه را که صحیح می‌دانند راجع به آن حتی بحث را هم جایز نمی‌دانند و در نتیجه همکاری او با رئیس جمهور از آن هم مشکل‌تر است و آن عده که در مجلس بودند این ضعف او را تصدیق کردند. (انقلاب اسلامی، ش. ۳۱۸، ۹/۵/۵۹، ص. ۱ و ۱۲) بنی صدر هر زمان در اردوگاه‌های آوارگان جنگی حضور یافت با نطق‌ها و سخنرانی‌های آتشین چنین نشان داد که او مایل است وضع آوارگان سروسامان یابد، اما دولت نمی‌خواهد و همه تقصیر‌ها را به گردن دیگران انداخت.
هرجا که کمبود و کسری و نقصانی به چشم می‌خورد بنی صدر می‌کوشید تا خود را به صورت چهره محبوب و رئیس جمهور مهربان بشناساند افکار را علیه دولت تحریک کند، اما همین چهره ظاهرا محبوب در وقت عمل بزرگترین مانع در سر راه تصمیمات دولت ایجاد می‌کرد. (صابری، ۲۱۵) ج- مخالفت با تصمیمات دولت از جمله کارشکنی‌های بنی‌صدر که موجب تضعیف دولت می‌شد اینکه تصمیات گرفته شده توسط دولت را لغو می‌کرد و نسبت به آن عکس‌العمل نشان می‌داد. ازجمله این مسایل اینکه:هیئت دولت در جلسه فروردین ماه ۱۳۶۰ طی تصویب نامه‌ای به منظور کمک به جنگ زدگان موافقت کرد که بانک‌های کشور تا زمان لغو تصویب نامه از کسر یا دریافت اقساط بدهی کسانی که خانه و کاشانه آن‌ها در اثر تجاوز صدام ویران شده بود صرف نظر شود. (همان، ۲۱۶) شهید رجایی طی نامه‌ای این تصمیم را به اطلاع بنی‌صدر رساند، اما بنی صدر به رجایی نوشت که این تصمیم وجهه قانونی ندارد و تنها «مجمع عمومی بانک‌ها» به پیشنهاد شورای عالی بانک‌ها می‌توانند چنین تصمیمی بگیرند و در غیر این صورت باید از طریق تحصیل مجوز قانونی از مجلس شورای اسلامی اقدام شود. (همان، ۲۱۷) از این پس تقابل و رویارویی‌های دو جناح بیشتر از گذشته شد، زیرا بنی صدر که پست‌های کلیدی چندی از جمله ریاست جمهوری و فرماندهی کل قوا را در اختیار داشت سعی کرد که وضعیت جناح لیبرال را بهبود بخشد جناح مقابل نیز روز به روز بر اوضاع مسلط‌تر می‌شد و سعی می‌کرد که عرصه را بر بنی صدر و جناح منتسب به او تنگ‌تر کند. (راعی، ۱۸۹) جامعه روحانیت مبارز برای جلوگیری از اختلافات دولت و رئیس جمهور تشکیل جلسه داد. (انقلاب اسلامی، ش. ۴۱۸، ۱۶/۹/۵۹) د- عدم همکاری یکی از اختلافات رجایی با بنی صدر بر سر افتتاح حساب بانکی برای کمک به جنگ زدگان و اسکان آن‌ها بود. بنی صدر با افتتاح حساب ۸۸۸ از مردم خواست کمک‌های خود را به این حساب واریز کنند، اما هنگامی‌که رجایی نیز قصد افتتاح حسابی را به همین منظور داشت بنی صدر از وی خواست از همین حساب به نام خود برداشت کند.
بنی صدر با نوشتن نامه‌ای خطاب به بانک ملی، اجازه این کار را داد، اما عملا از طریقی دیگر مانع برداشت رجایی شد تا دولت مجبور به افتتاح حساب ۲۲۲ شد. پس از این ماجرا کرارا بنی صدر در روزنامه انقلاب اسلامی در ستون کارنامه رئیس جمهور با جو سازی علیه دولت ادعا می‌کند که مقامات دولتی مردم را از واریز پول به حساب رئیس جمهوری منع می‌کنند.
وی به این طریق مظلوم نمایی می‌کند و دولت را در میان مردم تضعیف می‌نماید که در این زمان رجایی طی نامه‌ای به روحانیت مبارز، این موارد را به آن‌ها گوشزد می‌نماید. پس از مکالمه تلفنی با رئیس دفتر ایشان جواب شنیدم که: آقای بنی صدر می‌گویند مردم به ما اعتماد کرده اند و ما خودمان برای خرج این کمک‌ها طرح و برنامه داریم. (صابر ی، ۱۴۲) ه- اختلاف در اداره امور جنگ استراتژی و نگرش شهید رجایی به جنگ تا حدودی در نقطه مقابل استراتژی و نگرش بنی صدر به این مسأله قرار داشت. شهیدرجایی و کابینه اش در طیف نیرو‌های خط امام و طرفداران نیرو‌های مردمی و انقلابی قرار داشتند و به اتحاد بین سپاه و ارتش نیز تأکید می‌کردند (فرزند ملت، ۱۸۴) در مورد نیرو‌های نظامی نیز اختلافات اساسی وجود اشت. بنی صدر ارتش را نیروی متخصص می‌دانست و به نیرو‌های مردمی چندان اعتنایی نداشت، اما رجایی ضمن اذعان و قبول جایگاه و نقش مؤثر ارتش، نیرو‌های مردمی را در جنگ به دلیل برخورداری از جنبه مردمی و ایمان مؤثر‌تر می‌دانست و آن را سپاه انقلاب می‌نامید.
توجیه رجایی این بود که فنونی که ارتش کلاسیک به آن مجهز است از غرب و شرق که در آن زمان دشمنان ایران به شمار می‌رفتند اخذ شده و فنون خنثی کردن آن نیز در دست آن کشور‌هاست؛ لذا چنین ارتشی را نمی‌توان پشتوانه و پشتیبان انقلاب قرار داد. (فرزند ملت، ج. ۱ ص. ۲۵۳)
استمداد شهیدرجایی از جامعه روحانیت در طول این دوره که اختلافات این دو هر روز شدید‌تر شده دامنه اختلافات به مطبوعات کشیده می‌شد، شهیدرجایی با توجه به وضع اضطراری کشور در حال جنگ، نگرانی خود را از ادامه این اعمال بنی صدر به وسیله نامه‌ای به جامعه روحانیت مبارز انتقال داد و از آن‌ها خواست برای رفع این مشکل چاره‌ای بیاندیشند: در تاریخ ۱۵ بهمن ماه شهید رجایی نامه‌ای به جامعه روحانیت نوشت و رونوشت آن‌را برای بنی صدر فرستاد. گفتنی است در طول این دو ماه با استفاده از سکوتی که هیئت دولت و نخست وزیر پس از نخستین جلسه روحانیت مبارز در پیش گرفته بودند، شخص بنی صدر در سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های خود و روزنامه انقلاب اسلامی در مقالاتی که چاپ کرد، فرصت را برای جو سازی علیه دولت مغتنم شمردند و لحظه‌ای از تضعیف دولت فروگذار نکردند. (همان، ص. ۱۳۹). اما مداخله جامعه روحانیت و مجلس نیز نتوانست در رفع اختلافات آن‌ها تاثیری داشته باشد. زیرا اختلاف تنها در سطح نخست وزیری نبود بلکه تمامی نیرو‌های خط امام و کسانی که به ملت و اسلام وفادار و مخالف تفکر التقاطی بودند در برابر عملکرد اختلاف بر انگیز بنی صدر قرار داشتند.
از این زمان به بعد مجلس تصمیم گرفت با اعلام عدم کفایت سیاسی بنی صدر راه حل بهتری برای نجات کشور بیابد. در این موقع اختلافات بنی صدر با نخست وزیر و مجلس و تمام کسانی که در جناح مقابل او بودند شدت گرفته، تا زمان عزل او ادامه داشت.
در اردیبهشت سال ۱۳۶۰ به دنبال شدت گرفتن اختلافات میان بنی صدر و نخست وزیر و مجلس شورای اسلامی و بلاتکلیف ماندن برخی وزارتخانه‌ها، بنی صدر با طرح شعار "بن بست " و " رفراندوم "می کوشید آن‌ها را پلی برای رسیدن به اهدافش کند. از این رو چنین مطرح کرد که کشور به بن بست رسیده و سالم‌ترین راه بدون بحران این است که همه موافقت کنند تا به آرای عمومی مردم مراجعه شود. (روان بخش، ۷۹) در این زمان روزنامه‌های نهضت آزادی و نشریه رنجبر از این پیشنهاد استقبال کردند، اما هیئت حل اختلاف سه قوه طی بیانیه‌ای سخنان بنی صدر را محکوم کرد. حضرت امام نیز طی سخنانی بنی صدر و همفکرانش را دچار بن بست خواندند و فرمودند: مملکت اسلامی به بن بست نمی‌رسد. سر انجام پس از سخنرانی بنی صدر در جمع پرسنل نیروی هوایی شیراز و دو مصاحبه جنجالی مطبوعاتی و رادیو تلوزیونی وی، هیئت حل اختلاف تشکیل جلسه داد و بنی صدر را به عنوان متخلف از قانون اساسی معرفی نمود. (همان، ۱۸۹) طولی نکشید که امام بنی صدر را از قائم مقامی و فرماندهی کل قوا عزل کردند و به دنبال این اقدام، مجلس شورای اسلامی طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر را صادر و به اطلاع امام رسانیدند سرانجام در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ با موافقت امام و تصویب نمایندگان مجلس از ریاست جمهوری برکنار ش.. نهایت‌ا پس از عزل بنی صدر رجایی میرحسین موسوی را به عنوان وزیر امور خارجه معرفی کرد و او در ۱۴ تیر ۱۳۶۰ از مجلس رای تمایل گرفت. (راعی، ۱۵۸) در مجموع رجایی هم به عنوان نخست وزیر و هم عضو شورای عالی دفاع و پس از عزل بنی صدر، به عنوان رئیس شورای عالی دفاع در زمینه سیاست داخلی و خارجی مرتبط با جنگ یک موضع فعال اعتقادی و مکتبی در پیش گرفت و با یک برخورد ایدئولوژیک با مسئله جنگ، تمام تلاش خود را بر مردمی کردن جنگ و تأمین تدارکات آن و اسکان آوارگان تقویت مراکز داخلی، تولید اسلحه، بدون بهره مند‌ی از تکنولوژی ان، دفع تجاوز عراق با توسل به راه حل نظامی و سبک «حسین فهمیده‌ای» جنگ سازش ناپذیری در برابر فشار‌های تبلیغاتی و سیاسی بین المللی و ... قرار داد. (همان، ۱۷۹) گرچه بنی صدر به ظاهر از صحنه سیاسی کنار رفت، اما همچنان به طور پنهانی با گروه‌های مخالف نظام به طرح توطئه مشغول بود و مخالفت و کارشکنی‌های خود را ادامه می‌داد تا اینکه با بمب گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی و شهادت بیش از ۷۲ تن از یاران امام و انفجار دفتر نخست وزیری و شهادت رجایی و باهنر آخرین نقشه‌های خود را اجرا کرد، اما بدون آنکه به اهداف خود برسد مجبور به فرار از میهن اسلامی شد. منابع ۱. روز‌ها بر رئیس جمهور چگونه می‌گذرد، سازمان انتشارات و آموزش انقلاب اسلامی، ۱۳۵۹) ۲. شهید رجایی اسوه صبر و مقاومت، به کوشش واحد فرهنگی بنیاد شهید انقلاب اسلامی تهران ۱۳۶۱، ۳. نوذری، عزت الله، تاریخ احزاب سیاسی ایران، شیراز، نوید شیراز، ۱۳۸۰، ۴. صابری، کیومرث، مکاتبات شهید رجایی با بنی صدر و چگونگی انتخاب اولین نخست وزیر جمهوری اسلامی ایران سازمان چاپ و انتشارات فرهنگ و ارشاد اسلامی، چاپ چهارم ۱۳۸۰، ۵. مشروح مذاکرات مجلس شورای اسلامی دوره اول و دوم ۶. راعی گلوجه، سجاد، زندگینامه سیاسی شهید رجایی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۱۳۸۲، ۷. فرزند ملت در ایینه انقلاب اسلامی، مجموعه سخنرانی‌ها، مصاحبه‌ها و پیام‌های شهید رجایی، وزارت ارشاد ۱۳۶۱، ۸. روانبخش، قاسم، بازخوانی پرونده یک رئیس جمهور، نشر همای غدیر، ۱۳۸۲، ۹. رجایی رجایی بود، مجموعه مقالات نخستین کنکره شهید رجایی، استانداری قزوین، شهریور ۱۳۷۷، ۱۰. نشریه پیام انقلاب، س. اول ش. ۱۰، ۸/۱۰/۵۹، ۱۱. اختلاف شهید رجایی و بنی صدر، چالش و خط فکری، بهزاد نبوی، عصر ما، سال ۶، ص. ۶، ۱۲. روزنامه انقلاب اسلامی، ش. ۳۱۲، ۲/۵/۱۳۵۹، ۱۳. روزنامه انقلاب اسلامی، ش. ۳۲۲، ۱۶/۵/۵۹، ۱۴. روزنامه انقلاب اسلامی، ش. ۳۳۶، ۳/۶/۱۳۵۹، ۱۵. روزنامه انقلاب اسلامی ش. ۴۱۸، ۱۶/۹/۵۹، ۱۶. روزنامه جمهوری اسلامی ش. ۳۴۷، ۲۳ مرداد ۱۳۵۹